La Junta de Escuela es el órgano colegiado de gobierno de la Escuela Politécnica Superior de Algeciras, según contemplan los Estatutos de la Universidad de Cádiz. Su funcionamiento viene regulado en dichos estatutos y en el Reglamento de Régimen Interno de la EPS. Se reune varias veces al año para tomar decisiones claves sobre el desarrollo de la actividad de este centro universitario.